Dopo il parere favorevole espresso dalla Soprintendenza per i beni architettonici e per il paesaggio di Milano, si sono avviati i lavori per la riproposizione del prospetto dell´edificio finito ad intonaco e dei cromatismi originali di epoca seicentesca, per quanto sia possibile la loro identificazione dai lacerti rinvenuti in precedenti analisi stratigrafiche. Questo comporta necessariamente la rimozione della finitura più moderna in cemento, utilizzata in modo omogeneo nei restauri operati su tutte le superfici perimetrali del monastero di Sant´Ambrogio, ad esclusione dei chiostri, da parte dall´architetto Giovanni Muzio, che tra la fine degli anni ´20 e l´inizio degli anni ´30 adattò il complesso a sede dell´Università Cattolica del Sacro Cuore. Rispetto all´insieme, questo edificio di rilevanza storica ed artistica risulterà, ad opera finita, la parte del complesso monumentale che più si richiamerà, oltre ai chiostri e ad altri ambienti, alle strutture originali del monastero della Basilica di Sant´Ambrogio, attraverso il recupero più evidente della sua appartenenza storica.
Questa operazione, seppur parziale rispetto all´intero complesso, è giustificabile anche per la conformazione dell´edificio che risulta incastonato, ma ben distinguibile dai corpi dei Chiostri bramanteschi. Questa porzione di edificio fu uniformata dall´architetto Muzio con le stesse finiture dei paramenti esterni utilizzati nel suo intervento generale. Il restauro prevede inoltre le puliture dei portali storici e di tutti gli elementi architettonici degli ordini della facciata. L´intervento comprende anche la sostituzione dei serramenti esistenti in stato di degrado, mentre le partiture degli stessi, in materiale ligneo, avranno il medesimo disegno, con la differenza delle caratteristiche del vetro che, rispondendo a requisiti di isolamento termo-acustico, modificheranno lo spessore dei telai. All´interno dell´aula Pio XI si provvederà inoltre all´integrazione nel serramento di opportune tende oscuranti. I nuovi serramenti della Cappella del Sacro Cuore saranno provvisti dei loro originari vetri piombati colorati, opportunamente ricuperati. A completamento delle opere, si interverrà nel sottotetto dell´edificio per il consolidamento strutturale di alcuni punti delle capriate. Gli Uffici dell´Università, con la collaborazione di professionisti esterni, hanno preparato gli studi preliminari e stanno curando le fasi di realizzazione dell´intervento.